В игре есть скрытый параметр - репутация учёных. Далее репутация будет упоминаться как карма.

Карма влияет на некоторые задания, события и концовку.

При старте новой кампании карма устанавливается в 0.

Следующие действия увеличивают карму:

• 2 - Шангин побеждён, при этом хотя бы один сталкер ордена выжил
• 1 - Выполнено задание Ганзы на уничтожение культистов Люблино
• 1 - Выполнено задание Ганзы на научный обмен сорняков
• 1 - Выполнено задание Печатников на инженера на Дубровке
• 2 - Отбито нападение на Павелецкую зелёную при первом её посещении
• 2 - Красная линия помогла Кузнецкому мосту с бандой Пики быстрее, чем учёные (странно)
• 2 - Выполнено задание Бауманского альянса на защиту Семёновской
• 2 - Выполнено задание Октябрьской на трёх штурмовиков
• 1 - Выполнено задание Конфедерации 1905 года на трёх огнемётчиков на Баррикадной
• 4 - Выполнено задание Полиса на помощь ВДНХ
• 1 - Выполнено задание Ганзы на перевозку топлива с Тимирязевской
• 2 - Выполнено задание Полиса на зачистку Полянки
• 2 - Выполнено задание Полиса на защиту Тульской
• 1 - Выполнено задание Арбатской конфедерации на защиту Киевской синей
• 1 - Выполнено задание Арбатской конфедерации на защиту Киевской голубой от Рейха (ручное объявление войны всё ещё снимает карму, но если взять химика-дезертира с Менделеевской, а рейх до этого был в недоверчивом состоянии, он станет враждебным, но репутация не снизится, а Студенческую можно будет атаковать. см. автоматическая война)
• 2 - Помочь нищим на Академической
• 1 - Уничтожение банды Червы (единожды)
• 1 - Объявление войны банде Пики (единожды)
• 1 - Согласился с предложением банды Крести заключить мир

Следующие действия уменьшают карму

• -5 - Принят "подарок" Шангина
• -5 - Отдано пять женщин бандитам на Китай-городе
• -2 - Выполнено задание Красной линии на захват Маяковской
• -2 - Выполнено задание Красной линии на захват Библиотеки им. Ленина
• -2 - Выполнено задание Красной линии на захват Улицы Подбельского
• -2 - Выполнено задание Четвёртого рейха на захват Театральной
• -2 - Выполнено задание Четвёртого рейха на захват Смоленской синей
• -2 - Выполнено задание Четвёртого рейха на захват Баррикадной
• -5 - Выполнено задание Троцкистов на диверсию на Павелецкой зелёной
• -5 - Выполнено задание Троцкистов на диверсию на Динамо
• -5 - У всех больших фракций (Ганза, Полис Красные, Рейх) не осталось станций, при этом Учёные воюют с ними (единожды)
• -10 - У всех малых фракций (Арбат, 1905, ВДНХ, Бауманцы), не осталось станций, при этом Учёные воюют с ними (единожды)
• -2 - Объявлена война большой фракции (по три раза на фракцию)
• -3 - Объявлена война малой фракции (по три раза на фракцию)

Спасибо за примечания wanderer1993